その後、4/28付でアップルより公開された『Snow Leopard フォントアップデート』により下記の不具合は解消されたようです。
なお、Snow Leopard フォントアップデートをインストール後もアプリケーションのフォントメニューにフォント名が表示されない場合にはフォントを上書きでインストールし直すと正常に戻るという報告もありました。
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2011.4.4付け モリサワからの情報です。
MacOS X 10.6.7でNewCIDフォントが使用できない現象について
MacOS 10.6.7へアップデート後、NewCIDフォントを使用した際、「不正なフォントが検出されました」とのエラーが発生し、NewCIDフォントが使用できない現象が発生しています。
OpenTypeフォントのご利用にはこの現象は発生していません。

モリサワPassportのインストーラーで正規にインストールしたにもかかわらず、アプリケーションのフォントメニューに表示されません。
10.6.6でも現象が発生するとのことです。
新規に作成するものはOpenTypeを使えば問題ありませんが、過去にNewCIDフォントを使って作成したドキュメントは開くときにエラーが出てしまいます。
すべてのフォントを置き換えるのも面倒な作業なんですよねぇ
さて、アップルさんとモリサワさん、どちらが解決してくれるのでしょうか?